「正統鹿耳門聖母廟」為臺灣少數歷史傳承超過四百年的媽祖廟，相傳於宋代漁民往返福建、台灣之際，位於台江內海中北汕尾沙洲北側的「鹿耳門」已建起小廟奉祀「鹿耳門媽祖」。「台南土城」位於古代台江內海上的北汕尾沙洲鹿耳門區域、古鹿耳門港道之上，1661年鄭成功登陸鹿耳門時，上岸向廟焚香祝禱，得「鹿耳門媽」相助、擊退荷蘭，「古鹿耳門媽祖廟」聲名大噪。
康熙年後「鹿耳門」被設為台灣唯一對外港口，康熙58年(1719)正式由官員出資重建大廟，主祀「鹿耳門媽祖」。道光年後台江內海陸化，1831年古廟傾圮，百餘尊神像「寄佛」至府城「海安宮」，古廟歷經數次重修卻無法修復。
1913年一艘王船登陸土城海濱，船上之五府千歲降神諭表示受「鹿耳門媽祖」邀請、須重興廟宇，土城人遂挖掘沉沒古廟的建材，於1918年二建大廟，迎請「寄佛」於府城之「鹿耳門媽祖」與「古廟眾神」回到鹿耳門。蒙受神聖庇蔭、十方信眾虔誠赴力之故，「正統鹿耳門聖母廟」歷經二建、三建，發展至今日宏偉莊嚴之規模。
現廟殿為1975年第三度重建，仿若紫禁城般高貴典雅的設計，歷久彌新，2015年完成台灣最大神將千里眼、順風耳之雕塑，2020年完成巨型「鹿耳門牌樓」，成為中外聞名的廟宇。「正統鹿耳門聖母廟」未來會持續努力，將宗教結合文化、觀光，期能以信仰帶動地方發展。歡迎大家來到台南土城參訪這個壯麗莊嚴的廟宇、為心靈帶來平安與福庇。
